Après avoir reçu une transmission holographique urgente de leur oncle Albert, Sammy et Scooby se rendent en Suisse à bord de leur nouvelle machine à mystères améliorée afin de contrecarrer les plans du Dr Phibes qui tente d'interrompre une conférence sur le réchauffement climatique. Se rendant compte qu'il est suivi, Phibes riposte en envoyant l'un de ses agents les plus dangereux à leurs trousses.