Un accident avec la Gemkat 6000, une machine expérimentale d'extraction de diamants, transforme le brutal détenu Rex Shard en un géant de cristal dont le simple contact cristallise personnes et objets. Et ce n'est que le début de ses nouveaux pouvoirs. Avide de vengeance, Shard s'en prend d'abord au directeur Cyrus Meece, dont l'exploitation cupide des prisonniers est à l'origine de ce calvaire, et à l'inventeur de la Gemkat 6000, le Dr Greenbox, tout en « cristallisant » aléatoirement chaque lieu qu'il croise. Les SWAT Kats parviendront-ils à inverser le cours des événements avant qu'il ne soit trop tard ?