En 2552, sur la planète Madrigal, les humains luttent pour leur indépendance de la Terre, mais une rencontre fatale avec l'Alliance Covenante complique la situation. Le Major John 117 et ses super-soldats, les « Spartans », rejoignent le combat. Après la bataille, le Major retourne sur sa planète natale, Reach, avec un survivant de Madrigal et un objet mystérieux qu'il y a découvert. Mais un ordre controversé amène John à s'interroger sur sa mission et sur lui-même.