La classe de Kuzco doit faire des recherches sur son arbre généalogique. Lorsque Kronk interroge son père, il découvre qu'il est originaire de Kronkenitza, ce qui provoque les moqueries de Kuzco et d'autres élèves. Même Yzma veut participer à la plaisanterie, alors Kronk décide de partir pour Kronkenitza. Cependant, son départ pourrait s'avérer fatal, car bientôt ses amis commencent à s'inquiéter de son absence lorsque de terribles événements se produisent. Pendant ce temps, Yzma élabore un nouveau plan pour nuire à Kuzco : se cloner pour gagner un concours.