Après que le groupe de réflexion d'Abby sur la sécurité intérieure soit compromis et qu'elle soit trouvée en possession d'une véritable bombe, l'équipe du NCIS découvre que le chef du groupe a été assassiné et qu'un manuel d'opérations terroristes a été volé. Le crossover se poursuit dans NCIS : Nouvelle-Orléans S03E14 La Boîte de Pandore (II).