Clark revient à Smallville sous l'identité de Kal-El. Déterminé à accomplir son destin, il part à la recherche d'un puissant cristal kryptonien que Lex a obtenu en Égypte. Lois Lane, une nouvelle venue, arrive à Smallville pour enquêter sur la mort de sa cousine Chloé, et Lana revient de Paris avec un nouveau petit ami. Jonathan est dans le coma après les événements du final de la saison précédente et Lionel doit faire face à sa nouvelle vie en prison.