Le commandant Gyou arrive du quartier général de Chronos pour diriger la récupération des unités Guyver. Pendant ce temps, Chronos Japan crée l'Hyper Zoanoïde « Zerebus » dans une tentative désespérée d'éliminer Guyver. Pour tendre un piège, la petite amie de Sho est kidnappée et Sho doit redevenir Guyver et affronter Zerubus et la mystérieuse ombre, Guyver III.