Un petit homme de petite taille, surnommé le Bébé Méchant, et ses deux acolytes se font passer pour des bébés orphelins afin d'infiltrer le nouvel orphelinat d'Empire City et d'en prendre le contrôle. Ils prennent en otage le directeur de l'orphelinat et Whitney Morgan, venue l'interroger. L'équipe C.O.P.S. doit libérer les otages et remettre à leur place ces trois « bébés » turbulents.