Le soldat clone Tup est atteint d'une mystérieuse maladie mentale qui entraîne la mort tragique d'un Maître Jedi. Incapable de justifier son acte, Tup est mis sous sédatifs et renvoyé sur Kamino pour y être examiné. Pendant ce temps, l'amiral Trench, des Séparatistes, informe le comte Dooku de la trahison et se persuade que ce meurtre cache quelque chose de plus profond. Anakin Skywalker et le soldat ARC Fives accompagnent Tup, mais leur voyage de retour est pris en embuscade par des Séparatistes.