Lorsque des débris du vaisseau spatial échoué en Afrique refont surface, une conspiration au sein du FBI tente de dissimuler l'information aux X-Files, et plus particulièrement à Scully, la personne pour qui ces débris ont une importance particulière. Lorsque Doggett et Reyes découvrent que Scully et son enfant sont en grand danger, ils se précipitent pour les protéger, elle et William, des forces maléfiques qui le poursuivent. Scully est alors contrainte de prendre des mesures drastiques pour protéger son enfant.