Neuf ans se sont écoulés. Durant cette période, Shiro, Yuri, Rick et les autres ont acquis de l'expérience et mûri. Pendant ce temps, à la Section 13, les expériences sur les élixirs se poursuivent. Bien qu'Amaimon parvienne à posséder un nouveau corps, Lucifer ne parvient toujours pas à en trouver un qui lui convienne, et sa souffrance ne fait qu'accentuer son attachement aux biens matériels. Cependant, au milieu de ce chaos, un être qui est « l'univers lui-même » s'incarne dans un sujet d'expérience.