Le chaos s'empare de toutes les branches des Chevaliers de la Vraie Croix lorsque Lucifer, le Roi de la Lumière, déclare la guerre. Au même moment, Yukio, Rin et les autres Exwires partent pour la ville natale d'Izumo, dans la préfecture de Shimane, afin de ramener Izumo et Shima chez eux. Izumo a été kidnappée et séquestrée dans le Laboratoire d'Extrême-Orient, contrôlé par les Illuminati. À son réveil, Izumo découvre Shima vêtu d'un uniforme des Illuminati. Elle rencontre ensuite une personne avec laquelle elle partage un lien profond.