Shirou emmène Saber en rendez-vous pour tenter de la convaincre de ne pas utiliser le Graal et de retourner à son époque, mais de rester à la nôtre. 39. Avec l'apparition du mystérieux Servant de classe Archer, Saber ordonne à Shirou de s'enfuir pendant qu'elle le distrait. Cependant, Shirou, sachant que Saber n'a pas pu le vaincre auparavant, tente imprudemment de l'attaquer de front et, d'un claquement de doigts, est rapidement vaincu. Saber aura-t-elle la force de le vaincre, surtout maintenant qu'elle connaît sa véritable identité : Gilgamesh, le Roi des Héros de l'ancienne Uruk, détenteur de tous les trésors du monde ? Kirei Kotomine semble également jouer un rôle majeur dans la Guerre du Saint Graal, et ce n'est pas parce qu'il est le médiateur.