Archer a été vaincu par l'invincible Berserker et Shirou, Saber et Rin tentent désespérément d'échapper au même sort. Ils trouvent refuge pour gagner du temps, car Shirou doit trouver un moyen de recharger le mana de Saber pendant qu'Ilya les recherche. Suite au sacrifice d'Archer, Rin est plus que jamais déterminée à s'en sortir vivante et élabore un plan complexe. Le combat entre Saber et Berserker s'engage.