À Antropolis, un forage pour un nouveau projet de métro souterrain révèle d'étranges créatures appelées Jumpers, venues de la planète, qui enlèvent l'équipe. Hero Factory envoie Evo enquêter, ce qui déclenche une attaque de bêtes géantes sur la ville. L'équipe Alpha 1 est dépêchée sur place pour arrêter les monstres en construisant des machines de combat. Breez découvre que les monstres communiquent entre eux, tandis que Stormer et Furno sont enlevés par les Jumpers. Les héros restants construisent d'autres machines de combat pour explorer le tunnel souterrain, tandis que des renforts de Hero Factory affrontent les Jumpers à la surface. Après de longues explorations, l'équipe arrive au nid-ruche et découvre ses coéquipiers disparus, cachés dans des cocons et gardés par la Reine Mère des créatures.