Une évasion a lieu à la prison de haute sécurité de Hero Factory ! Des criminels comme le dément Toxic Reapa, le maléfique Jawblade et le schizophrène Splitface se sont échappés et sèment le chaos et la destruction dans toute la galaxie ! On découvre que le vilain Black Phantom est à l'origine de cette évasion et qu'il s'agissait d'une simple diversion pour permettre aux héros de détruire la Tour d'Assemblage de Hero Factory pendant qu'ils recapturent les fugitifs. Evo, Surge et Furno sont envoyés en mission pour capturer les criminels, tandis que Rocka reste à Hero Factory pour arrêter Black Phantom, qui a déjà neutralisé les responsables des missions, et détruire son Arachnix.