Lorsqu'une fusée transportant six bombes nucléaires fut envoyée dans l'espace pour l'exploration de Jupiter, elle subit une défaillance et s'abîme en mer. Une seule bombe explose, provoquant une catastrophe maritime. Quatre bombes ayant été récupérées, c'est à la Patrouille Scientifique qu'il revient de retrouver la bombe manquante. Pendant ce temps, Fuji bénéficie de vacances offertes par le capitaine Muramatsu (au grand dam d'Ide). Accompagnée d'Hoshino et d'une petite fille nommée Michiko, elle se rend à l'hôtel Mamiyama, en bord de mer, pour s'amuser. De son côté, Hayata enquête sur un naufrage provoqué par le sillage du gigantesque monstre marin humanoïde Ragon. Ce n'est pas la créature paisible d'Ultra Q : ce Ragon, muté par les radiations de la bombe qui a explosé, est hostile et violent. Non seulement il se dirige vers l'hôtel Mamiyama, mais la bombe manquante pend à son corps ! Fuji et les deux enfants seront-elles saines et sauves ? ​​