Lorsqu'un avion atterrit à Oahu avec quatre corps à bord et un terroriste détenu porté disparu, la CIA charge l'unité Five-0 de le retrouver avant qu'il ne commette un attentat sur le sol américain. Pendant ce temps, Kono est en fuite, recherchée par la police pour un meurtre qu'elle n'a pas commis. La visite de McGarrett à Wo Fat en prison se termine par une découverte choquante.