Un an après la Rébellion Noire, Lelouch Lamperouge a repris sa vie scolaire normale sans aucun souvenir apparent de l'année précédente. Après avoir séché son cours de sport de soutien, il part avec son jeune frère Rolo jouer à la Tour de Babel. Menée par C.C., l'Ordre des Chevaliers Noirs lance un assaut sur le complexe pour récupérer Lelouch. Lelouch retrouve la mémoire et reprend son identité de Zero. Suzaku Kururugi déclare à l'Empereur qu'il tuera personnellement Zero.