Le 10 août 2010, le Japon est conquis par le Saint Empire de Britannia. Sept ans plus tard, Lelouch Lamperouge, un étudiant adolescent, se retrouve entraîné dans une bataille entre des terroristes antigouvernementaux et l'armée de Britannia dans le ghetto de Shinjuku. Au cœur du conflit, une mystérieuse jeune fille aux cheveux verts le sauve de la mort en lui accordant « le pouvoir du roi », ce qui lui permet de contraindre les autres à faire sa volonté.