C'est le début de la guerre entre le Commonwealth des Systèmes et les flottes nietzschéennes. Le capitaine Dylan Hunt et son vaisseau, l'Andromeda Ascendant, tentent de fuir la première attaque nietzschéenne pour avertir le Commonwealth. Dans sa tentative d'évasion, l'Andromeda et le capitaine Hunt sont pris au piège dans l'horizon des événements d'un trou noir et figés dans le temps pendant 300 ans. L'équipage de l'Eureka Maru, mené par le capitaine Beka Valentine, tente de récupérer l'Andromeda pour la vendre contre rançon à un Nightsider. Une fois l'Andromeda libérée, Hunt est décongelé et contraint de défendre son vaisseau contre les récupérateurs et les mercenaires nietzschéens menés par Tyr Anasazi.