Une attaque surprise de Cobra, utilisant les nouveaux BAT, révèle que les GI Joe ont relâché leurs efforts. Le général Hawk demande au sergent Slaughter de remettre l'équipe sur les rails. Pendant ce temps, une série de rêves pousse le Dr Mindbender à élaborer un plan pour créer un nouveau chef Cobra à partir de l'ADN de conquérants disparus depuis longtemps. Un colis abattu par Night Raven révèle que Zartan a reçu l'ordre d'agrandir son équipe de Dreadnoks. Il se tourne alors vers ses frères et sœurs, Zandar et Zarana, pour obtenir de l'aide. Les Joes enquêtent et découvrent le plan, mais se retrouvent encerclés par Thrasher et sa Machine Tonnerre.