Destro retourne à la base Cobra et prend le contrôle de l'opération auprès du commandant. Scarlett, désormais capturée, et l'esclave organisent une révolte d'esclaves. Les souvenirs de Duke en privation sensorielle conduisent les Joes à la base Cobra où se déroule une bataille finale. Cobra Commander est capturé et emmené en prison, mais Destro s'échappe. La bataille est terminée mais pas la guerre !