Lors d'une expédition à la recherche d'une flotte espagnole chargée de trésors, le bateau du Dr Barbara Ortega est détourné par des pirates des temps modernes. Ils volent le peu de trésor qu'elle a déjà trouvé – y compris le journal de bord, clé pour retrouver toute la flotte – et prennent la fuite. Lorsqu'elle révèle publiquement avoir été victime du détournement, la Fondation Phoenix envoie MacGyver à son secours. MacGyver et Barbara doivent maintenant récupérer le journal de bord pour qu'elle puisse trouver le trésor avant les pirates.