Lorsqu'un laboratoire scientifique étudiant la couche d'ozone explose mystérieusement, MacGyver est appelé à la rescousse des scientifiques piégés sous terre. On découvre rapidement que l'explosion a fissuré une cuve d'acide sulfurique, et MacGyver se lance dans une course contre la montre avant que l'armée n'utilise un missile pour sceller la base.