William Boone, le Protecteur Taelon qui a secrètement dirigé le mouvement de résistance humaine trois ans auparavant, est réveillé de son hibernation à bord du vaisseau-mère par Sandoval. À son réveil, il découvre que les Taelons et les Jaridiens ont fusionné pour former une nouvelle espèce extraterrestre représentant une menace encore plus grande pour l'humanité et rejoint la croisade de Renée contre les Atavus.