Après le meurtre de sa femme, le capitaine de police William Boone est recruté par les Taelons, une race extraterrestre apparemment bienveillante présente sur Terre depuis trois ans. Pour ce faire, il recevra un implant CVI, un implant cybernétique viral qui développera ses capacités mentales et lui permettra de contrôler une arme biologique d'une puissance illimitée. Cependant, avant qu'il ne puisse prendre sa décision, il est recruté par la Résistance, un groupe d'humains opposés à la présence des Taelons sur Terre. Menée par Jonathan Doors, la Résistance informe Boone que les Taelons ne sont pas ce qu'ils paraissent être. L'implant CVI lave le cerveau de ses sujets, les poussant à suivre aveuglément les Taelons et les contrôlant de fait. La Résistance explique à Boone qu'elle peut neutraliser cet aspect du CVI à condition qu'il travaille à la fois pour les Taelons et pour la Résistance. Boone accepte et se lance alors à la recherche de la vérité : pourquoi les Taelons sont-ils sur Terre ? Sont-ils responsables de la mort de sa femme ?