Cinquante ans se sont écoulés depuis la dernière apparition de Samurai Jack, et le temps n'a pas été clément avec lui. Aku a détruit tous les portails temporels et Jack a cessé de vieillir, un effet secondaire des voyages dans le temps. Il semble condamné à errer éternellement sur ces terres. Son passé le hante, ainsi qu'une secte d'assassins déterminés à le tuer pour la gloire d'Aku.