Deux ans se sont écoulés sans incident depuis le retour de Soshi. Kazuki et sa génération ont quitté les pilotes de Fafner et occupent désormais de nouveaux postes. Les générations suivantes sont devenues d'excellents pilotes ou cadets de Fafner. Un jour, la Compagnie Persée, menée par le général Narain, amène sur l'île une jeune fille, Emery, porteuse d'informations importantes. Cet événement influence la progression de la nouvelle génération.