Kusanagi reprend conscience après une plongée cérébrale dans le Puppet Master. Bien qu'elle connaisse désormais la vérité sur ce qui s'est passé, Kusanagi continue de percevoir la présence du Puppet Master de temps à autre. Le Shell Squad fait irruption sur un bateau utilisé par une cellule terroriste, et Kusanagi abat par erreur son chef.