Dans cette suite de Double Helix, le docteur Ira Nodel (Ron Rifkin) subit une modification corporelle afin de communiquer avec des extraterrestres qui ont disséminé leur matériel génétique sur Terre. Il est rejoint à bord d'un vaisseau spatial extraterrestre par son fils Paul (Ryan Reynolds), la petite amie de ce dernier, Hope (Kathleen Duborg), et six étudiants. Mais lorsque le Dr Nodel touche un poteau lumineux dans la salle de contrôle, lui et Paul sont enveloppés d'une lumière mystérieuse. Hope et les étudiants en déduisent qu'ils sont tombés dans un piège, une intuition renforcée lorsque le vaisseau capture deux d'entre eux et les aspire à travers la paroi. Désespérée de comprendre ce qui se passe, Hope lit le journal du Dr Nodel et risque sa vie en touchant le poteau lumineux. Son corps subit la même transformation, et une étrange entité lumineuse parle avec les voix du Dr Nodel et de Paul, tentant de communiquer avec elle. Le vaisseau, cependant, continue d'enlever les étudiants deux par deux.