Ce qui devait être des vacances pour Sonic, Manic et Sonia se transforme en une bataille pour sauver Mobius lorsque Robotnik attaque avec sa nouvelle arme : la Forteresse Volante. Sonic examine le vaisseau, pensant pouvoir détruire l'arme en retirant son réacteur. Cependant, ses efforts sont vains et il se tourne vers Knuckles pour obtenir de l'aide, car il est convaincu que l'arme est alimentée par l'Émeraude du Chaos.