Kafka Hibino a presque renoncé à son rêve d'intégrer la « Force de Défense », l'unité anti-Kaiju. Il travaille désormais au nettoyage des sites contaminés, se débarrassant des corps des Kaiju abattus et repensant avec regret aux jours passés avec son amie d'enfance, Mina Ashiro, capitaine de la Troisième Division de la Force de Défense.