Alors que leur planète natale, Thundera, est sur le point d'exploser, les Thunderiens fuient vers une galaxie lointaine. Avant qu'ils ne puissent entreprendre le long voyage, les Mutants fondent sur eux et détruisent la majeure partie de la flotte dans une tentative de s'emparer de l'Œil de Thundera. Suite à cette attaque, les Thundercats se retrouvent sur une planète lointaine. Lion-O, devenu adulte, doit sauver ses Thundercats des Mutants sur la Troisième Terre.