Alors que l'histoire se recentre sur la vie « là-bas », l'absence du colonel Broyles modifie la dynamique de l'équipe Fringe, chargée d'enquêter sur un bioterroriste armé d'un insecte carnivore. Pendant ce temps, Olivia, d'une autre dimension, retrouve son amoureux, et Walternate, toujours déterminé à sauver son monde, découvre qu'il y a des limites qu'il ne franchira pas.