Nous sommes en 1860 et le choléra commence à se propager parmi les volailles françaises. Louis Pasteur et son assistant, Émile Roux, prélèvent des échantillons et en déduisent que la maladie peut se transmettre par voie aérienne. Ils prélèvent ensuite du sang sur les poulets et découvrent un germe non identifié dans les échantillons. Pendant que Pasteur et Roux travaillent sur les échantillons de sang, Pasteur est victime d'un AVC. Depuis son lit, il exprime sa détermination à vivre et continue de travailler avec Roux en lui écrivant des notes. Il lui demande d'injecter le sang contaminé aux poulets. Les poulets meurent. Lorsque Pasteur revient enfin au laboratoire, on découvre que le sang a été altéré par le temps. En réinjectant ce sang aux poulets, les germes du choléra sont détruits. Ils ont créé un vaccin pour les poulets. Pendant ce temps, des moutons commencent à mourir de la maladie du charbon.