April O'Neil, reporter vedette de la chaîne 6, enquête sur de récents cambriolages, prétendument commis par des ninjas, qui ont entraîné le vol de nombreuses technologies. Une rencontre fortuite avec une bande de voleurs l'entraîne bientôt dans une histoire bien plus importante lorsqu'elle est sauvée des criminels par quatre Tortues mutantes entraînées comme des ninjas.