En Europe, Sarah et Chuck réalisent qu'ils voyagent en train avec des espions espagnols. Bien qu'ils soient seuls, ils décident d'affronter ces agents renégats. Bien sûr, cette mission improvisée ne se déroule pas comme prévu. Pendant ce temps, Beckman ordonne à sa nouvelle équipe d'espions « improbable » – John Casey et Morgan Grimes – de retrouver le couple disparu.