La saison 2 s'ouvre sur les conséquences de la répression fédérale : Junior est en prison, Melfi refuse de voir Tony, Christopher se lance dans de nouvelles affaires, Pussy est toujours portée disparue… et Tony s'adapte à sa nouvelle vie de patron. Pour compliquer encore les choses, Janice, la sœur indépendante de Tony, arrive pour s'occuper de Livia.