Après avoir sauvé un vieil homme nommé Tyron des Groundlings, des créatures ressemblant à des rats, Thundarr, Ariel et Ookla apprennent que ces derniers recherchent la Perle Noire, dont le pouvoir inquiète le sorcier maléfique Gemini. Thundarr, Ariel et Ookla acceptent de livrer la Perle Noire au village de Manhat (les ruines de Manhattan). Mais Ariel est capturée et emmenée à la tour de Gemini, qui exige que Thundarr et Ookla lui remettent la Perle Noire, sous peine de mort.