Kotaro se souvient des paroles de Yukari concernant la défaite du « Roi de la Création ». Dans sa ville natale, un laboratoire d'expérimentation sur les kaijins subsiste, et Bilgenia les attend. Aoi et sa mère sont faites prisonnières. Kotaro tente de les secourir, mais une « Mante » lui barre la route. Au cours de la bataille, il découvre la vérité et sa haine envers Bilgenia s'intensifie, ce qui provoque l'émergence de nouveaux pouvoirs du Soleil Noir.