Des pierres sacrées sont implantées dans le corps de deux garçons. Des décennies plus tard, le monde est divisé. Certains veulent éliminer les « kaijin », d'autres souhaitent coexister avec eux. Au milieu de tout cela, vit un homme solitaire, Kotaro Minami. Une jeune activiste, Aoi Izumi, aspire à changer le monde divisé. Lorsque Aoi et Kotaro se rencontrent, le temps, qui semblait suspendu, se remet en marche…