La navette spatiale Argo, financée et construite par des fonds privés sans aucune ingérence gouvernementale, est menacée par un groupe de trafiquants d'armes qui craignent une chute brutale de leurs ventes d'armes bactériennes. En effet, la navette a mené à bien une expérience de manipulation génétique dans l'espace, soulageant ainsi l'industrie spatiale américaine, alors qu'elle s'apprête à rentrer en orbite. Un problème subsiste cependant : le conteneur expérimental doit être transporté, dès l'atterrissage de la navette, vers un laboratoire désigné, où il sera configuré et analysé en 20 minutes afin d'influencer l'utilisation des armes bactériennes. Seule Blue Thunder possède les capacités nécessaires pour accomplir cette tâche aussi rapidement, et Apex lui prête donc l'unité. Après un accident où toute l'électronique de l'hélicoptère a été court-circuitée par des lignes électriques dans une centrale électrique voisine, l'équipe a réussi à appréhender deux hommes liés au trafic de matériel de guerre allemand.