Pendant que Kay et ses amis recherchent le virus dans les souvenirs de Duke, ils découvrent celui de la veille de l'inauguration du Chemin de fer intercontinental, où un virus a infecté son organisme et l'a rendu maléfique. Ils comprennent alors que Duke a été victime du virus. Combattant les monstres mutants issus du virus, Kay et ses amis se rapprochent du cœur du moteur de Duke.