Alors que Reshiram, ressuscité, tombe rapidement sous le contrôle de Ghetis, Sacha et ses amis tentent d'élaborer une stratégie pour arrêter la Team Plasma. Beladonis convainc la Team Rocket de se joindre à la lutte contre les criminels, tandis que Sacha et Pikachu cherchent à détruire la machine de contrôle. N, quant à lui, espère apaiser la fureur de Reshiram avant qu'il ne détruise le monde dans une rage vengeresse, comme lorsqu'il avait incendié le château de la Team Plasma par le passé.