Se déroulant en 1989, l'histoire de la fondation des Lone Gunmen est enfin révélée. On y découvre comment un fonctionnaire fédéral rigide, un expert en audiovisuel obsédé par le sexe et un hacker informatique un peu geek rencontrent Susanne Modeski, une femme étrange détentrice de preuves d'un complot gouvernemental. Lorsque leur plan pour démasquer le complot échoue et que Susanne est capturée par un groupe d'hommes en noir, dirigé par nul autre que X, ils se transforment rapidement en un groupe paranoïaque de surveillance gouvernementale.