L'équipe du Jeffersonian enquête sur le meurtre de Jason Siedel, comptable au département d'État, dont la dépouille a été retrouvée dans un système de climatisation d'hôtel. Lorsque Booth surprend son ancien camarade de l'armée et agent de la CIA, Danny Beck, en train de faire disparaître des preuves dans l'appartement de la victime, il comprend que le meurtre de Siedel pourrait révéler plus de suspects que prévu. Booth sollicite également les conseils d'Aldo Clemens, son ami et ancien prêtre de l'époque militaire, concernant sa relation avec Brennan, maintenant que Pelant a semé la discorde entre eux. Pendant ce temps, Brennan doit décider si elle doit faire confiance à Booth ou mettre fin à leur relation.