Booth disparaît six mois après que Brennan et lui ont quitté leurs carrières respectives. Une affaire liée au couple ramène Brennan dans le monde de la médecine légale, ce qui la met en contact avec un membre de la famille de Booth et avec Arastoo Vaziri, qui a pris la direction du Jeffersonian en son absence. De son côté, le FBI enquête sur la disparition de Booth, mais les méthodes d'un agent nuisent au moral de l'équipe.