La nouvelle année scolaire commence à Alfea, mais dans un royaume maléfique appelé le Royaume des Ombres, un groupe de fées – Amore, Blinky, Chatta, Digit, Lockette, Piff, Tune et Zing – sont prisonnières dans les cachots du Royaume des Ombres, dans une cellule qui leur vole leurs pouvoirs. Leur meilleure amie, Layla, une princesse fée du Royaume des Marées, se rend dans le Royaume des Ombres pour tenter de sauver ses amies, tout en luttant pour sa survie dans le Palais du Royaume des Ombres. Layla perd elle aussi la plupart de ses pouvoirs, ce qui rend sa mission de sauvetage d'autant plus difficile.