Giovanni, le chef de la Team Rocket, retrouve Mewtwo dans une région isolée de Johto et tente de le capturer à nouveau. Pendant qu'Ash et ses amis essaient de sauver Pikachu des griffes de Jessie et James, Domino, la nouvelle recrue de la Team Rocket, les enlève. Les Pokémon clonés sont capturés et utilisés pour attirer Mewtwo dans un affrontement avec Giovanni, forçant ainsi Mewtwo à se battre pour sa liberté et pour comprendre si les êtres créés par la science peuvent avoir une véritable raison d'être.

Distribution

• Rica Matsumoto — Satoshi (voix)
• Ikue Otani — Pikachu (voix)
• Mayumi Izuka — Kasumi (voix)
• Satomi Korogi — Togepy (voix)
• Yuji Ueda — Takeshi (voix)
• Megumi Hayashibara — Musashi (voix)
• Shin-ichiro Miki — Kojiro (voix)
• Inuko Inuyama — Nyarth (voix)